Хамяг, насколько я понял из Readme самой утилиты, она перехватывает системные обращения к файлам стилей в момент чтения строковых ресурсов из них, и подсовывает вместо одних строк из файла msstyles другие, тем самым пользователь видит не Windows Aero, а реальное название темы, Blue Refresh например. Как заверяет автор, перехват не отрабатывает для системных тем, т.е. для aero.msstyles, тем самым родная тема остается родной на 100%
