[kaEwituS]

Protsko
А большая, под su не запускается...
под простым пользователем запускается...

Давайте начнём с самого начала... Как Ставили, заметил из портов...
Так?
# cd /usr/portes/games/quake3 && make install clean
потом кидаем библиотеки pak0.pk3 куда он просит
если не ошибаюсь то сюда:
# /usr/local/lib/games/quake3/

если всё норма то заходим под простым юзверем и пишем команду (выглидит так):

Protsko$quake3

Всё должно работать!!!

Если же он говорит

Protsko$-bash: quake3: command not found

Это говорит о том что в папке /usr/local/bin нету запускаемого файла quake3
Это означает что Вы неправильно установили....