[paranoya]

Что будет с раб. станциями (рабочими) которые небыли выведены из домена? Можно ли их как-то вывести, а потом ввести в домен, если они не выводились из старого (с таким же именем) ? »

Вывести из домена рабочую станцию можно из под локального админа. после этого её можно ввести в новый домен.

Что будет с профилями? »

Фактически профили юзеров из старого домена останутся. Профили юзеров в новом домене будут чистыми и пустыми. Файлы перекидать из старого в новый можно руками, но вот всякие настройки, пароли скорее всего нет. Есть утилита User Profile Wizard, она помогает мигрировать старый профиль в новый, обычно все настройки профиля продолжают работать нормально, но всегда бывают исключения. Так что стоит мониторить появление проблем у пользователей.
Если же у юзеров нет ничего сверхъестественного в профилях пользователей (просто файлы), то чистый профиль лучше - не будут наследоваться скрытые проблемы старого.

Как вывести и удалить все данные о домене с дочерних КД, не удаляя настройки 1C (PostgreSQL, настройки баз и т.д.) и ввести сервер заново в домен с неповреждёнными настройками ? »

Всё зависит от того, как софт установлен. Минимально - разрешения на файлы и папки придётся переделывать на новые. Возможно службы 1C, Postgres стартуют от имени учётных записей пользователей старого домена, тогда придётся их запускать от имени нового пользователя в новом домене.

Я хочу переустановить основной КД с нуля. На нём создать домен заново с таким же именем как и был. (бэкапов КД нет) »

На мой взгляд новый домен создавать лучше на 2008 сервере. Имя лучше взять похожее новое, чтобы отличать, в какой части возникла проблема - если в каком-нибудь логе будет фигурировать новое имя, то проблема в новом домене, если старое, то в старом. Если делать такое-же имя, то будет непонятно, это твой косяк в новом, или тянется со старого.

PS. Если распишешь более подробно, что на чём установлено, то можно более точно что-то посоветовать.