Ты просто попробуй все файлы (неизличимые) куда-нибудь скинь,
например на второй винчестер, форматни хард (не мешало бы низкоуровневой разметкой) и попробуй поставить 98 винду! А на винт перенеси потом только те файлы в которых ты уверен. У тебя получится чистенький работающий хард, но если и после такого будет тормоза ловить, тогда скорее всего всё дело в самих внутренностях компутера