Была аналогичная проблема, грешил на всё что ток в голову пришло - менял БП, оперативу, с ОСями игрался - не помогало. Купил новый HDD, поставил на него ось - проблема пропала. Как оказалось позднее - старый HDD присмерти был и очень медленно читал с себя данные.
Попробуйте потестировать винт на скорость чтения, мож та же проблема