[volk1234]

Там еще все запутаннее.
HKCU\SOFTWARE\Classes\ берется из HKU\SIDпользователя_Classes
Вобщем это сделано чтобы каждый пользователь мог иметь свои настройки ассоциаций файлов.

Но это когда мы меняем существующие значения. Или добавляем праметры.
Когда создаем новый ключ в HKCR - то он создается в HKLM\SOFTWARE\Classes\, а когда редактируем существующий ключ в HKCR
то редактируется он там где реально находится (HKLM,HKCU). А вот если значение есть и в HKLM и в HKCU, вот тогда у HKCU преимущество.
Почти всегда разработчики используют HKCU.