[Narm]

Что за программа я не знаю,но обьясню в общих чертах.Если юзаешь какой-либо инсталятор попробуй перепаковать программу.Настройки все равно где-нибудь храниться будут,обычно они хранятся в файлах но могут быть и в реестре.Обычно при запуске программа проверяет наличие файлов(ключей в реестре) с настройками и если таковые имеются то прога молчит и продолжает работать дальше,если же нет то предлагает указать первоначальные настройки.Либо можно вообще убрать запуск программы после установки.Узнай о проге все что можно,поэксперементируй и будет тебе счастье.
Можно сделать проще - упакуй в SFX архив.