[bozordzh]

Скопировал скомпилированное приложение на сервер там тоже стоит freebsd, при запуске пишет permission denied. »

вы скорее всего по фтп копировали, а там бит исполняемости снялся, обычно на фтп стоит umas.
ls -l <своей_файлы> посмотрите, там поймёте, что не так.