Они у меня могут называться по разному и привязываться к $CheckboxXX не нужно (подправил в шапке пример).
1 - установленное, 4 - не установленное и т.д. сохраняю так
IniWrite(@ScriptDir & "\Vibor.ini", "Settings", "$CheckViborOdin", GUICtrlRead($CheckViborOdin))
а вот как обратно загрузить сохранённые значения-не знаю. Можно было бы смотреть результат из ini файла и в зависимости от результата уже назначать через GUICtrlSetState(), но хотелось бы какую то универсальность.