Все, тему закрываю.
Решение такое:
1. Отклонить замененные обновления. Как определить такие обновления, написано
тут
Чем больше будет удалено, тем лучше. Я удалил 100 обновлений из 300 замененных.
2. Установить обновления с помощью WSUS Offline Update или UpdatePack7R2.
3. Запускать поиск обновлений на ПК. Если появляется ошибка, нажимать "Повторить", если поиск не завершается, подождать. Сейчас я жду сутки на 1 ПК.
