Варианты представления работы и в том и в другом случае. Не могу знать на каком варианте вы "всё-таки остановитесь":
Быть может вам будет проще создать файл *.bat и с трёх щелчков мыши его запустить - чтоб автоматически получить установленный и настроенный Akelpad (Параметры будут внесены в реестр, AkelPad установлен в папку профиля пользователя).
Быть может вам интереснее создать файл *.ini с настройками и копировать туда - где расположена программа или несколько её копий. Вовсе создадите sfx - куда будут помещены файлы программы и настройки *.ini. Не известно.
x32/x64 - Значения не имеет, параметры будут применены одинаково для обоих, равно как работать с *.ini.
