Насколько мне известно у Flip3D нет настроек, которые позволяли бы это настраивать. Можно вроде бы через реестр только регулировать количество отображаемых в нем окон.
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\DWM - создать параметр Max3DWindows типа DWORD со значением равным кол-ву окон - перезагрузиться
Правда для чего это делать - вопрос