Сам спросил - сам отвечу
Видимо задал вопрос коряво, перефразирую:
Вопрос: Как, имея сам сертификат(*.p7b или *.cer ), приватный ключ и сертификат CA, установить сертификат в IIS для организации ssl-шифрования, при условии что запрос на сертификат (соответственно и ключ) делались не через менеджер IIS?
Ответ: Создать из них *.pfx сертификат, например в openssl, и уже его импортировать в веб-сервер.