[Petya V4sechkin]

song2005x, настройте в Конфигурация компьютера\Административные шаблоны\Система\Сценарии -> параметры "Выполнять сценарии загрузки с отображением команд" и "Выполнять сценарии завершения работы с отображением команд".

Аналогично в Конфигурация пользователя\Административные шаблоны\Система\Сценарии -> параметры "Выполнять сценарии входа с отображением команд" и "Выполнять сценарии выхода с отображением команд".

Добавьте в конец FreeBSDshutdown.bat команду Pause.
После смотрите, какая ошибка (если будет).