Uber
При конвертации fat в ntfs потери информации на форматируемом разделе произойти не должно. После ввода команды и последующей презагрузке вы получите том отформатированный в ntfs. А уже потом можно в Partition Magic'е изменить размер кластера. Неплохо бы еще произвести дефрагментацию раздела.
PS. Волков бояться, в лес не ходить
Попробуйте!