[x0r]

Explorer.exe это не только окна, но и панель задач, трей, часы и все остальное. Но если хочццо, то попробовать можно, я не проверял... точней проверял и делал, но только глобально. как будет с юзерами хз.
Есть ключ в реестре где указываеццо Shell HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon
по-умолчанию Shell = explorer.exe
И точна такой же ключ есть для юзера HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon,
но там не записан Shell Попробуй туда записать ченить. хоть cmd.exe и попробовать.

Но в любом случае, для Админа можно в автозапуск закинуть скрипт(батнег, VBS etc) который будет запускать explorer.exe а из
HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\Winlogon - убрать Shell = ""