[hasherfrog]

Серверная программа наследует при запуске системное окружение. Данное окружение ещё не содержит c:\myBins. Ваша задача - изменить %PATH% до запуска программы-сервера. В линуксе это просто, в виндах всё немного хуже. Попробуйте запускать службу как батник (я очень надеюсь, что серверная программа не является службой).