Код:
use Benchmark;
$t0 = new Benchmark;
# ... your code here ...
$t1 = new Benchmark;
$td = timediff($t1, $t0);
print "the code took:",timestr($td),"\n";
http://www.perldoc.com/perl5.8.0/lib/Benchmark.html
Добавлено:
Хотя этот модуль не совсем для этого сделал, но замерять время с точность до сотых секунды им тоже вполне удобно.