FreeBSD включает программу с простым названием freebsd-update. Эта программа предоставляет две различные функции. Во-первых, она позволяет применить к базовой системе FreeBSD обновления безопасности и критические исправления в двоичном виде, без необходимости сборки и установки. Во-вторых, программа поддерживает обновление системы со сменой старшего или младшего номера версии.
Ознакомьтесь, FreeBSD можно обновлять и без пересборки ядра, но если ядро не было модифицировано. Так гораздо проще.
https://www.freebsd.org/doc/ru/books...bsdupdate.html
Обновление портов - это утилита portsnap fetch && portsnap update. Можно и через CVS обновлять порты, но так попроще.