man8531, я тут подумал о паре вещей:
- Разве Вам нужна замена? Вы ведь целиком и полностью переписываете целевой файл, не так ли? Так что мешает, не делая никаких замен, просто его создавать?
- В принципе, поскольку из кириллицы у Вас в файле только комментарии, мы можем наплевать на UTF-8, открывая его как ANSI/1251 (поскольку он как раз без BOM), и концы строк — работая с файлом, не как с коллекцией строк, а как с единым целым.