Вообще, если вы опубликовали приложение 1с в RemoteApp Manager, потом создали msi пакет или rdp, затем проинсталировали пакет на клиенте, то при запуске приложения не должно ничего кроме маленького окошка с текущим языком выскакивать (ну и соосно сначала запрос пароля еще выскакивает)!
Или я чего-то не догоняю...