Код:
(for /f "usebackq delims=" %i in (`dir /b /a:-d "*.mov"`) do @echo file '%~i') | "%ProgramFiles%\FFmpeg\bin\ffmpeg.exe" -safe 0 -f concat -i - -codec copy "Out\Result.mov"
Не забудьте предварительно создать результирующий каталог Out, либо укажите иное существующее местоположение, отличное от исходного каталога.
