[Pliomera]

Чтобы не пришлось чистить реестр от "мусора" нужно не засорять его "мусором".

Для экспериментов со всякого рода софтом, который оставляет в реестре "мусор" надо по-возможности использовать виртуальные машины.

В ряде случаев помогают "точки восстановления системы", которые надо создавать перед установкой потенциально "мусорного" софта.

Для тяжелых случаев хорошо иметь заранее созданный образ системы (Acronis etc.) с набором установленных проверенных и необходимых программ.

Касательно дубликатов пользовательских файлов. Есть множество различных утилит для этого, все они хороши или плохи по своему. Сверяют содержимое файлов по имени, по содержимому и др. Выбирайте то, что вам подойдет.

"Чистилками реестра" не пользуюсь уже лет пять. Имхо, это лишнее.