Отфармотировать нормально. Можно с какого нить livecd загрузиться и оттуда выполнить.
Вот почитайте
http://rapidsoft.org/articles/hardtu...d_secure_erase
В принципе пременимо и к hdd или поищите похожие темы но касательно конкретно hdd- чтоб исключить ошибки.