Если Windows Server 2003 SP2, то из-за SNP компьютеры могут потерять домен.
http://support.microsoft.com/kb/912222
Лично у меня после установк СП2 на нек. компьютерах перестала отрабатывать ГП.
Можно или отключить SNP или привести в соответствие компьютеры, в частности NDIS 5. Т.е. обновить драйвера сетевых карт. После этого у меня проблемы исчезли. Это по поводу ошибки: Не удалось получить имя контроллера домена в этой сети. (Указанный домен не существует или к нему невозможно подключиться. ). Обработка групповой политики прекращена
По поводу установки: что за приложение? может это не msi? может оно использует ключи? много чего может быть...
Попробуйте взять другое ПО и развернуть его через ГП. Может проблема в разрешениях...
А вообще в логах должны быть данные для анализа.
