[Hacho]

di2blo Поскольку в данном случаэ используется инсталятор InstallShield надо предварительно создать файл setup.iss на рабочей ОС.
1 Запустите приложение из командной строки, используя ключ /r (например, Setup.exe /r)
2 Пойдет процесс установки, вы будете отвечать на вопросы - все как обычно. Главное, не выбирайте опцию перезагрузки компьютера сразу после установки ("Restart the computer now")
3 После окончания установки зайдите в вашу системную директорию (C:\Windows) и извлеките оттуда файл setup.iss. Перед автоматической установкой положите файл в директорию, где лежит ваша программа.

Дальше setup.exe /s /sms Параметр /sms желательно использовать. Проблема в том, что инсталлятор раздваивается на два процесса и закрывает первый, ключ /sms заставит инсталлятор дождаться окончания установки приложения.