Kvv
Попробуй явно указать файл ответов, иногда помогает:
Код:
setup.exe -s -f1путь\setup.iss
Между ключом f1 и путем не должно быть пробела.
Можно еще попробовать добавить ключ f2 и путь, куда скидывать лог-файл. В логе пишется код ошибки, расшифровку кодов ошибок смотри здесь -
http://forum.oszone.net/showthread.php?t=44914&page=2