Открыть WMV в VirtualDub можно, скачав
WMV plugin товарища Ф. Ц. Ц. Хэндлера. Для этого нужно в папке VirtualDub-a создать папку Plugins32 и поместить туда содержимое скачанного архива. После запуска VirtualDub будет отлично открывать WMV.
Я не пробовал соединять два WMV-файла, но предположу, что это возможно. Сохранить в том же формате вряд ли получится, нужно перекодировать хотя бы видео, потому что VirtualDub умеет сохранять только файлы в формате AVI. Попробовать сохранить без перекодирования можно, поставьте и в Audio и в Video Direct stream copy - может, и получится.