Да, на маленьких или забитых под завязку флешках это зачастую единственный вариант. Еще напомню в NTFS разделах по средине находится MFT таблица, из-за которой файл может быть фрагментированным.
Хороший вариант это USB-HDD, фрагментации файлов после копирования вообще не видел, и скорость копирования больше чем на флешках. Есть такой интересный карман
обзор1,
обзор2, будет хорошим дополнением к Grub4Dos-у.