Ставить. Оно бы ещё на что-то влияло, на быстродействие диска, например, будь диск системным, а для файлохранилища заметно никак не влияет. Поэтому ставьте размер кластера по умолчанию, стандартный.
Кстати, можно и в ExtFAT форматировать, но это зависит от устройств, к которым внешний жёсткий диск будет подключаться.
