[Bal]

sfc /scannow пробовали?»

Да, но она не все все файлы находила на установочном диске.
Эх чего только я не пробовал, доводил до краха системы и потом опять восстанавливал через консоль, но проблема оставалась.

Вобщем вопрос снят, справился с бякой.