Перенос данных - процедура долгая, если она уже сколько-то шла, т.е. какой-то объём данных уже был перемещён, то отмена процедуры повлечёт обратную операцию, т.е. уже перенесённые данные надо вернуть обратно. Если вы прервали процедуру и перезагрузились, не дождавшись её завершения, то было бы удивительно если бы проблемы не возникли. ))
А вообще, я бы рекомендовал перед подобного рода манипуляциями делать проверку жестких дисков.
