ewgeniwiz,
1. Можно, надо в реестре, в разделе удаления программ добавить строку, которая будет указывать значок.
Код:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Uninstall\--Программа--]
"DisplayIcon"="--путь к значку или файлу со значком"
2. Это к разработчикам.
3. Никак, только сторонними программами плюс пропатченные библиотеки тем.