[Admiral]

Всё зависит от формата (DVD, MPEG4(DivX, Xvid)), но принцип схожий:
1)Получаем звуковые дорожки с двух болванок (для ДВД используем ДВД декриптор, для МРЕГ4 ВиртуалДаб).
2)Видео должны быть одинаковые по времени и синхронизированные, если это не так потребуется дополнительная операция по синхронизацыи звука.
3)Выбираем одно из видео (если они одинаковые любое, если различались то к которому синхронизовали звук) и накладываем нехватающую дорожку (для МРЕГ4 используем ВиртуалДаюбМод и вторым потоком Аудио, для ДВД к сожалению знаю только коммерческий Сценарист и в нём добавляем дорожку, если к то знает ФрееВаре продукт то прошу расскажите его и как в нём (вроде как в ИфоЕдиторе такое можно)).