Alladin дает подробный список криптопровайдеров под все ОС
http://www.aladdin.ru/catalog/etoken...ex.php?print=Y
Криптопровайдер обычно содержит простейшие средства работы с сертификатами.
Потом простейший поиск в поисковике: "Выбранный криптопровайдер" + ЭЦП + Linux.
В принципе, по опыту работы с CryptoPRO под Win, могу сказать следующее:
Уже наличие самого CryptoPRO позволяет сформировать электронную подпись для любого файла.
Сама электронная подпись формируется в виде файлика с именем идентичным имени подписываемого файла, но со специфичным расширением.
Наверное вас более устроит вот это:
http://www.aladdin.ru/catalog/etoken.../lancrypto.php