Я проблем особых не вижу - можно два X-сервера запустить, каждого с отдельной конфигурацией, в которой прописаны его видео, монитор, мышь, клава - там все для этого предусмотрено. Единственное - памяти для этого потребуется побольше тоже. И так как общим остается только мама, винт, корпус... может, стоит просто второй комп собрать?
