FreeBSD для сервера (лучше настройки безопасности по умолчанию), Linux - для рабочей станции (и всяческой отладки) - программного обеспечения больше.
ну и win - извините тоже - для рабочей же машины. Тут, пардон, пока удобного программного обеспечения еще больше
и юзеры у нас под win сидят, так что и нам пока не слезть ...