Solefald,
Такой переход не требует удаление (на одной системе могут спокойно уживаться как Pro так и EE версия продукта), разве что это требуется и выполняется по лицензионным соображениям.
Можно затереть директорию и вручную удалять все остальные сабжевые директории и записи реестра в системе, с помощью клиннеров.
Или попытаться через MsiExec что-то предпринять, как в статье
Visual Studio 2008 Setup Troubleshooting Guide
