[Phoenix]

Программы устанавливаются в системную папку Program Files. Они прописываются в реестр, создают свои службы (не обязательно) и т.д. Словом программы интегрируются в систему. Для корректной работы их следует устанавливать в каталог по-умолчанию, т.е. папку Програм файлс.
Иные пользовательские файлы (документы, фото, видео и прочее), рекомендую сохранять на отдельном жестком диске, или хотя-бы на отдельно созданном разделе жесткого диска. Это позволит избежать их утраты в случае серьезного сбоя системы.