Все ведь описано в документации на русском, причем, языке
Вкратце отвечаем на вопросы:
1. В реестре и базе кластера. Это мааааленький файлик.
2. Ничего не будет. Эбсолютли
Если в разрезе CCR. На самом деле FSW_MNS нужен ТОЛЬКО в момент потери узлами связи по Private-интерфейсу и произошедшей в это время перезагрузке одного из узлов во избежание brain-split syndrom.
3. Ничего не будет. Репликации в том числе. Когда он поднимется - попытается выполнить incremental reseeding баз. Если не получится, что очень вероятно - попросит выполнить Full Reseeding при помощи командлета Update-StorageGroupCopy.
4. Cluster Continuous Replication - НЕПРЕРЫВНАЯ репликация кластера. Это процесс идущий непрестанно. Даже если нет никакой активности пользователей (в этом случае реплицируются пустые логи)
Рекомендация: если имеется возможность, лучше кластер поднимать на WS2008SP2. Т.к. с введением SMB 2.0 репликация происходит в разы веселее. А еще лучше дождитесь выхода Exchange 2010, осталось чуть-чуть. Так сэкономите на железе.