ktotut, прошу прощения, но тут у Вас ошибка синтаксиса. Вместо
должно быть "if [ ! -d $LINE ]".
И еще, если позволите, два вопроса:
1. Учитываете ли Вы, что команда cp -R будет копировать далеко не все файлы? К примеру, не будут копироваться скрытые.
Я бы, на Вашем месте воспользовался бы либо командой rsync (rsync -a -H -A -X --devices --specials -c -v --delete "$TARGET_DIR"/ "$LINE"), либо tar ( cd "$TARGET_DIR"; tar cf - . | (cd "$LINE" && tar xBf -).
2. Сценарий не будет работать правильно, если директория или имя файла содержат спецсимволы. К примеру, пробел. Решить эту проблему можно правильным использованием кавычек и установкой IFS в $"\n".
Правда, файлы с символом перевода строки в имени всё равно не будут правильно обрабатываться, но, согласитесь, такие файлы встречаются редко (могу предложить вариант который будет правильно обрабатывать все файлы с корректными именами, даже содержащие переводы строки в имени, но, честно говоря, не вижу смысла - это не более, чем бесполезное упражнение в использовании команд оболочки, к тому же, его работоспособность далеко не очевидна с первого взгляда).
