[x0r]

А не лучше будет в таких запущенных случаях(миллионы строк) отдать разбивку норм. проге на Цэ\Цэ++ - тот же Winrar , а потом собирать уже скриптом.
Ну т.е. отдать Winrar-у этот "миллионнострочный_файл" и нехай он его разбивает на фрагменты по 300kb(или скокатам получаеццо размер файла из 1000 строк). А потом эти фрагменты разложить по-папкам.