[vasketsov]

Zx
Я так понимаю, под системным монитором ты имеешь в виду все таки не закладку на диспетчере задач, а Administrative Tools -> Performance. Попроуй выставить мониторинг не только процессов, но, например, дисковой активности, подкачки,... Такая беда бывает,например, если pagefile.sys слишком маленький.

Так и узнаешь где Bottleneck.