[vserd]

,2 Гб., то Win PE начанает ругаться (нет файлов и т.д.), только стоит что-то удалить и размер станет 3,8 Гб - опять всё работает.... »

Скорей всего ограничение в 4Г. другого объяснения я не вижу. Как только адреса выходят за размер 32 бита, они обрезаются и возникает "проблема LBA48" в применении к CD. Разработчики исходили из того что 700 М это норма, а 4 Г это фантакстикс, что учитывая год разработки ядра так и было.

. В архиве с bcdwiz150r есть файл bootcat.ini как я понимаю он задает параметры файла bcwd.bin, а что делает сам bcwd.bin? »

Это и есть программа, которая обрабатывает bootcat.ini.

и ещё в самом файле bootcat.ini который в архиве в нем много чего написано, но я находил пример простейшего BootCat.ini и там всего одна команда "\W98RUS.ima" как это понимать? »

Так и понимать, читайте документацию до тех пор пока не поймете.
Все остальные секции не обязательные, и являются украшательством.

а как мне сделать то же самое но только что бы не с дискеты, а с CD? »

RTFM, RTFM и еще раз RTFM по сайту BCDW, топику, документации. Создайте образ дискеты с VC, образ на диск, ссылку на загрузку в bootcat.ini.