[hasherfrog]

По идее, запуск программы-сервера идёт в автозапуске, как

Код:

myServerProgram.exe

А Вам надо создать файл runServer.bat с содержимым

Код:

set PATH=c:\myBins:%PATH% 
myServerProgram.exe

И запускать его (runServer.bat) вместо myServerProgram.exe в авторане.