[iglezz]

VLADEV,

Есть папки (source) например Папка1, Папка2 Что нужно сделать чтобы после компиляции был не общий BIN а папка1.bin папка2.bin ну и общий exe. Т.е что бы в случае их изменения менялись только они . »

Как-то так :)

Способ 1: папка1.bin папка2.bin как архивы
Включаем в состав установщика распаковщик (7-Zip, UnRAR, ...)
Через ExtractTemporaryFile() извлекаем распаковщик
Через Exec() его запускаем для распаковки архива папка1.bin
Через Exec() его запускаем для распаковки архива папка2.bin

Способ 2: папка1.bin папка2.bin как inno-установщики
// Прокатит или нет - не знаю, надо проверять. Но теоретически вместо .exe можно использовать любое расширение.
Через Exec() запускаем для распаковки архивов inno-установщик с именем папка1.bin
Через Exec() запускаем для распаковки архивов inno-установщик с именем папка2.bin

В целом:
Точкой входа в запуск всего этого шаманства может быть либо скрипт (bat/wsh/ps/...), либо базовый .iss-скрипт с использованием директив препроцессора.
Как сравнивать соответствие папки и готового bin? Можно на стадии сборки (например, препроцессором) читать файл со списком файлов и свойствами, по которым будет детектиться соответствие/различие и сравнивать, параллельно писать новый файл (для целей замены, если понадобится собирать новый *.bin)
С виду это может показаться лютым шаманством, но на самом деле, применив простенький скилл "Декомпозиция", задача решится, пусть и не за два клика.
Всё это теория, но практика будет с конкретным ТЗ