[K.A.V.]

но как собрать проект никак не въеду. »

Сложный интерфейс? Вроде всё достаточно просто, а если есть сомнения, например, по поводу того, как правильно файлы в проект добавить - то есть файл справки, я же там не просто так всё разжевывю.
Но, если вам не особо понятно, на каком языке автор общается вами в справочной информации, то можете высказать свои мысли по этому поводу, как мне писать документацию так, чтобы большинству пользователей было понятно, о чем там автор прожки заливает

те есть две папки »

Прежде чем добавлять файлы в проект, Вам нужно понять, что такое переменные и как они используются, отрываем файл справки SFX Creator и читаем страничку:
Переменные
Прочитали? Молодцы, теперь мы знаем, что за переменная $INSTDIR
В главном окне SFX Creator нам нужно заполнить поле Директория установки, путь из этого поля будет помещен в переменную $INSTDIR
Опять же, что прописывать в это поле - решаете уже вы сами, исходя из требований проекта и доступных переменных и возможностей в SFX Creator
Нужно сделать каталого для установки папку Windows? Переменная $WINDIR. Рабочий стол пользователя? Переменная $DESKTOP. И так далее
Читаем документацию к SFX Creator
Я в это поле для нашей теории указал рабочий стол: $DESKTOP
Соответственно, переменная $INSTDIR будет хранить значение рабочего стола (почему именно про $INSTDIR я говорю, опять же читайте в файле справки на странице Переменные)

Переходим в раздел "Файлы", нажимаем знак красного вопроса или F1, справка открывается для вас на нужной вам страничке: Файлы проекта
Читаем информацию в файле справки, чтобы понять, как правильно добавлять файлы в проект. Забудьте про разные WinRAR'ы со своими SFX модулями, там всё по-другому.

Добавляем папки в проект согласно файлу справки:

При распаковке записи с директорией, папка с именем добавленной директории не создаётся

Соответственно, чтобы при добавлении записи с папкой в проект, добавлялось имя добавленной папки при распаковки, нам нужно вручную дописать имя папки к пути для распаковки:
Добавляемый файл/папка: C:\Users\APTEM\Desktop\Моя папка
Директория назначения: $INSTDIR\Моя папка
Из этой записи у нас получается, что содержимое папки C:\Users\APTEM\Desktop\Моя папка будет распаковано в каталог $DESKTOP\Моя папка, да, именно в $DESKTOP, т.к. Директорию установки в главном окне мы указали $DESKTOP, после запуска SFX архива в переменную $INSTDIR был помещен путь $DESKTOP (рабочий стол пользователя)

С файлами разобрались? Отлично (если после этого поста и чтения справки всё-равно "не разобрались" - спрашивайте, что конкретно осталось не понятно)

файл реестра »

Ну, тут вроде ничего сложного...
ой, правда в диалоге забыл прикрутить кнопку выбора файла из проводника
В диалоге есть мини-подсказка, которая даёт нам понять то, что в это поле мы можем указать:
1. Полный путь к файлу на вашем диске в данный момент, при компиляции проекта этот REG-файл будет упакован в тело SFX архива и автоматически импортируется в реестр
2. Путь к файлу, который будет существовать при исполнении SFX архива (например, какое-то приложение создаёт REG-файл в процессе своих действий во временной папке Windows и вам нужно его импортировать - указываем что-то типа: $TEMP\regfile.reg)

два файла »

Выше вроде всё разобрали с файлами

запустить бат »

Сначала добавьте bat файл в группу файлов проекта и распакуйте его, например, в папку $TEMP
Добавляем файл в проект:
Добавляемый файл/папка: C:\Users\APTEM\Desktop\Моя папка\мой батник.bat
Директория назначения: $TEMP

Переходим в раздел Приложения
Добавляем исполнение bat-файла
Приложение/файл или адрес в интернете: $TEMP\мой батник.bat

Согласно файлу справки

Вам необходимо выбрать тип исполняемой команды, если вам нужно запустить приложение/cmd файл, то из выпадающего списка выбирайте пункт "Приложение"

Параметры приложения: оставляем пустым

Обязательно отмечаем опцию Выполнить после распаковки файлов потому, что мы свой батник сами будем распаковывать с помощью SFX архива
Если не хотите видеть мерцание консольного окна при исполнении батника, ставим опцию Выполнить с скрытием окна
Аналогично, если вам не нужно ждать, когда там ваша команда отработает, можете ткнуть Не ждать завершения исполнения