[El Scorpio]

Столкнулся с проблемой - у контроллера домена два ип адреса - один используется для внутренних подключений, а второй для перенаправления портов с роутера (для exchange). »

Лицензия на Win 2012 позволяет использовать два экземпляра системы на одном сервере
Вынесите Exchange на отдельную виртуальную машину и настройте вторую сетевую карту так, чтобы она работала только в виртуальной машине (уберите IP-адрес на основной системе)

И зачем вы подключаете маршрутизатор непосредственно к серверу? Воткните его в общую сеть и настройте перенаправление входящих портов на основной IP-адрес сервера