[Сrack]

s600, В вашем случае данные попадали в 32-битную часть реестра, что касается системных настроек (твиков) то да, надо это учитывать при написании bat-ников.
Нужно учитывать, что bat(cmd)-файлы запускает 32-битное приложение, соответственно для них значение переменной %ProgramFiles% будет равно "C:\Program Files (x86)", а если тот же bat-ник запустить из 64-битного проводника Windows то для него значение переменной %ProgramFiles% будет равно "C:\Program Files". Аналогичная ситуация и с импортом данных в реестр.
Большая часть приложений, это 32-битные приложения, которые хранят свои настройки в 32-битной части реестра, и устанавливаются в 32-битную %ProgramFiles% то есть в "C:\Program Files (x86)".

В программе не хватает опции "Имитировать 64-битный процесс", пока ее нет.