BootIce предлагает два варианта окон при нажатии Re-Partitioning:
1,
2. Первый вариант используется для съемных устройств (флешки, флеш-карты в кардридерах), второй для остальных (внутренние винчестеры, USB-HDD). Видимо твоя флешка определяется системой как постоянное устройство, поэтому BootIce и предлагает соответствующее окно, или это глюк программы. Попробуй на другом ПК или возьми другую флешку, чтоб разобраться почему так.